内容简介：可以抵扣，但前提是协议明确约定并经你同意，同时必须结算差额。
补偿款是你的财产，安置房款是你的债务，两者抵销属于双方合意，不能由一方单方决定。
协议只写「以补偿款抵顶购房款」、不写抵扣金额和差额如何结算的，属于关键条款缺失。
判断点是：协议里有没有写清「抵扣多少、剩多少、谁补给谁、什么时候结」。
这四句写不清，后面就是一笔糊涂账。
文品良律师提醒你：
签协议时把「补偿款总额」「安置房总价」「抵扣后差额」「差额支付时间和方式」四项单列，不要只写一个「互不找补」。
安置房还没交付就先扣款、又不给收据的，要书面要求出具收款凭证，注明扣的是哪一笔。
如果对方以「统一规定」为由拒绝结算差额，可以就这一条单独提出异议，不影响其他条款的履行。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第五百六十八条规定，当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；当事人主张抵销的，应当通知对方，通知自到达对方时生效。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十一条规定，被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换；因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十二条规定，因征收房屋造成搬迁的，房屋征收部门应当向被征收人支付搬迁费；选择房屋产权调换的，产权调换房屋交付前，房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房。
边界
有些地方的办法规定，选择产权调换时补偿款优先冲抵购房款，这在程序上允许，但同样要求结算差额、出具凭证。
反过来，如果你已经签字确认「互不找补」，事后主张差额，难度会明显加大，除非能证明存在重大误解或者显失公平。
本文不针对具体案件下结论。