一、临时机构不是独立主体
按《行政诉讼法》司法解释关于被告确定的规定，行政机关组建并赋予行政管理职能、但不具有独立承担法律责任能力的机构，以自己的名义作出行政行为，当事人不服提起诉讼的，以组建该机构的行政机关为被告。
项目指挥部、拆迁指挥部、片区开发指挥部，多属这一类：有公章、有办公场所、能对外签约，但没有独立财政与法律责任能力。指挥部被撤销不影响责任承担，由设立机关承接。
二、三种情形，被告不同
- 以指挥部名义签：被告是设立它的政府，一般是市、县级政府或区政府；由多个部门联合组建的，列组建机关。
- 受政府委托签：被告是委托的政府，委托关系要有书面授权或会议纪要佐证。
- 由街道办、乡镇政府设立：被告是该街道办或乡镇政府；若其受区政府委托，仍可列区政府。
拿不准时，先列设立机关，再依法院释明追加。只告指挥部，通常会被以被告不适格裁定驳回。
三、协议性质决定诉讼类型
补偿协议属行政协议，可以依行政诉讼法关于行政协议的规定起诉，请求判令履行，或请求确认无效、撤销。若协议内容是安置房买卖、租赁等民事事项，可能被认定为民事合同，走民事诉讼。判断看签约主体、内容是否具有行政法上的权利义务、是否与征收职权相关。
请求要具体：不要只写履行协议，要写明支付金额、交付房屋的位置与面积、办理产权登记的期限。请求写得笼统，判决也难以执行。
四、政府不认账的四种说法
- 说指挥部已撤销：责任由设立机关承担，撤销不是免责事由。
- 说签字人无权限：看有无授权文件、公章、以往履行记录，构成职务行为或表见代理的，仍由政府承担。
- 说协议未经内部审批无效：内部审批不影响对外效力，除非法律明确规定须经批准才生效。
- 说补偿标准超政策：属履行问题，不是效力问题，政府可主张撤销，但要受期限限制并承担相应责任。
五、起诉前先固定三份材料
协议原件，含公章、签字人、签订日期；指挥部的设立文件、授权文件、会议纪要，可以申请政府信息公开；履行凭证，包括已付款记录、交房通知、催告函及送达凭证。
起诉期限：行政协议之诉一般自知道或应当知道协议内容之日起六个月；涉及不履行的，自履行期限届满之日起算。催告函的意义不仅是催，也是固定起算点。
六、什么情况下需要找律师
协议签了两三年、一分钱没到位，又找不到指挥部的，先要解决被告和期限两个问题。政府主张签字人越权、协议无效的，争点会转到授权范围，需要调取内部文件。协议内容写的是民事事项，走错程序会被驳回，这种判断最好在立案前完成。
七、我们办过的类似案件
协议类案件的成败，往往在立案时被告栏就定了一半。
- 补偿金额与协议不符，确认不履职——争的是签约主体未按约定支付。
- 征收决定被确认违法，但未撤销——争的是程序违法后责任如何落地。
吴佳妮律师办理行政协议与履职类案件较多，可以先从设立文件确认被告。
八、边界
协议是与村集体或开发企业签的，主体不同，路径转民事诉讼。已经超过起诉期限且无正当理由的，法院不予立案，只能尝试协商或另找请求权基础。协议内容违法且损害公共利益的，即使政府不认账，也可能被确认无效，此时请求应改为赔偿而非履行。
本文不针对具体案件下结论。