内容简介：先看有没有「不一致以本协议为准」的表述。写了按补充协议走；只写「另行约定」而内容含糊的，推定原协议未变更。
道理在于变更需要双方就变更的内容达成一致。内容约定不明确的，推定为未变更——这是一条对被动签字的一方相当有利的规则。对方拿一份含混的补充协议来削减补偿，很难靠它成立。
三种情形结论不同：补充协议明确写「原协议第三条关于安置房面积的约定变更为……」，按补充的走；只写「双方另行约定如下」但内容与原条款直接矛盾，要结合履行情况判断，谁实际按哪份履行过是关键；补充协议只增加内容、不触碰原条款，两份并存，各管各的。
判断点落在补充协议的开头一段和落款：有没有引用原协议的编号和签订日期、有没有写明变更范围、签的是不是同一主体。这三项决定了它是「变更」还是「另一份合同」。
先看有没有写清楚。
郝新锋律师提醒你：
动作一：把两份协议摊开逐条对比打表，冲突条款一条一条列出来，别凭印象记。
动作二：补充协议没有引用原协议编号的，主张它是独立协议或未生效，是常用抗辩，值得先试。
动作三：已经按其中一份履行过的，履行行为会被用来推定真实意思，签字之前想清楚这一笔意味着什么。
法律依据
《民法典》规定，当事人协商一致，可以变更合同；当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。这一句是处理补充协议冲突时最直接的依据。
补偿协议属于行政协议。按《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》，行政协议的变更、解除参照适用民事法律规范关于合同的规定，所以上述推定规则在征收补偿协议里同样适用。
边界
如果补充协议是在你已交房、领款之后签的，且内容明显减少你的权益，法院会重点审查有没有欺诈、胁迫或重大误解。如果两份协议的签约主体不同，争的就不是效力顺位，而是主体资格。如果补充协议经过了公证或者有明确的结算条款，推定的空间会小很多。本文不针对具体案件下结论。